1999年11月，四川省林业厅建立了“四川省森林旅游服务中心”，作为全省生态（森林）旅游的管理机构，2004年调整了领导班子，充实了人员队伍，明确了工作职能。各级林业行政主管部门也把生态旅游发展纳入重要的议事日程，已作为林业工作目标考核的重要指标。各市州林业局确定了分管领导，落实了工作部门和工作人员，逐步形成了从省厅到市（州）、县（区）各级林业主管部门有专人抓生态旅游工作的局面。

目前，我省多数自然保护区、森林公园和湿地公园都成立了专门管理机构，但是由于部分生态旅游景区权属错位，经营权不明晰，收益分配不公，常引起纠纷和争议。例如，按照《森林公园管理办法》，森林公园应属林业部门主管，而我省一些具有良好森林旅游资源基础的森林公园管理权属却归其它系统，致使生态旅游工作难以正常推进。其次，生态旅游管理队伍力量薄弱，学历层次偏低，旅游规划、旅游创意、旅游管理等高层次人才缺乏，旅游岗位培训的有效体制以及有利于人才引进、合理流动的旅游人才市场机制尚未形成。这成为制约四川生态旅游发展的一大因素。